Le trasformazioni stilistiche che, in periodo barocco e neoclassico, hanno interessato molte chiese del romanico italiano, sono state realizzate anche in importanti edifici religiosi siciliani come le
cattedrali di Palermo e di Catania
. 
Tali cambiamenti, hanno coinvolto anche l’interno del duomo di Cefalù, con l’inserimento di un apparato decorativo barocco diversificato nelle varie aree dell’edificio. Le pareti delle navate laterali, ancora grezze nell’attesa di una decorazione musiva, non più realizzata, furono disegnate e abbellite, secondo il gusto del XVIII secolo, con l’inserimento di alcune cappelle con decorazioni parietali composte da fregi, lesene, cornici e sculture in stucco di richiamo classico. Di conseguenza, le navate laterali furono coperte da una
volta a botte con lunette
, celando il tetto originario.
L’indirizzo culturale al ripristino, che si sviluppò agli inizi del Novecento, promosse una serie di interventi volti a riportare la Cattedrale al suo aspetto originario. I lavori, condotti in più momenti, non approdarono ad alcun risultato, provocando, al contrario, la perdita di una stratificazione temporale che lasciò l’interno del duomo privo di ogni dignità artistica e storica.
Il recupero dell’originaria purezza formale degli interni fu oggetto dell’ultimo restauro degli anni Ottanta, durante il quale le murature delle navate laterali furono trattate ad intonaco monocromatico, più prossimo a quella che doveva essere l’immagine di questo spazio sacro.
Le pareti, secondo il programma ruggeriano dovevano, infatti, accogliere una decorazione musiva a tema religioso.
