Il
presbiterio
è diviso, dalla navata centrale, tramite due
archi trionfali
, 
il primo, che separa l’aula dal santuario, presenta la scena di Gesù al Tempio, 
mentre il secondo, vicino l’
abside
, com’è consuetudine nei cicli musivi di matrice bizantina, rappresenta l’Annunciazione: l’Angelo annunciante a sinistra e la Vergine a destra.
L’ampliamento delle fabbriche del palazzo reale, che inglobarono al loro interno la cappella palatina, produsse una trasformazione della zona absidale, a partire dal XVI secolo, con l’alterazione dell’originale muro perimetrale, di forma poligonale e la chiusura delle relative finestre, poste nel tamburo delle tre absidi. Si pose rimedio a tale mutilazione con l’esecuzione di decorazioni musive, in armonia con il contesto circostante. Tali decorazioni, hanno inserito nell’abside centrale la figura della Madonna, seduta su un seggio, tra la Maddalena e San Giovanni Battista; 
nell’abside di destra Sant’Anna e Maria bambina e,
in quello di sinistra, nel XVIII secolo un mosaico, opera di Santi Cardini che raffigura San Giuseppe con Gesù fanciullo.
L’abside centrale presenta nella calotta il
Cristo Pantocratore
, benedicente, 
con il Vangelo tra le mani e, nel catino, la Vergine, tra Pietro e Maria Maddalena a sinistra e Giovanni Battista e Giacomo Apostolo a destra. 
Al di sopra, la colomba dello Spirito Santo,
i simboli della passione e dell’
Etimasia
. Nei medaglioni degli intradossi degli archi longitudinali e dell’arco trionfale ci sono immagini di santi. 
Lo spazio è sormontato da una cupola nel cui centro il Cristo Pantocratore benedicente è racchiuso in un cerchio dorato
e circondato da una schiera di
otto Angeli e Arcangeli
, tutti abbigliati con abiti regali e quattro con il
globo crucigero
tra le mani. Ai margini del tamburo sono raffigurati i profeti Isaia, Geremia, Ezechiele, Giona, Daniele Mosè, Elia ed Eliseo, con cartigli in mano; 
nei tondi, sopra le arcate di sostegno della cupola, i ritratti di Davide, Salomone, Zaccaria e Giovanni Battista;
nelle nicchie angolari i quattro Evangelisti: Matteo, Luca, Marco, Giovanni. 
Alla base del tamburo un’iscrizione in greco riporta la data 28 aprile 1143 e ricorda il giorno della consacrazione.
Le absidi laterali, come da consuetudine, sono dedicate a San Pietro e San Paolo. 
Nel
transetto
di destra, in corrispondenza della
prothesis
, sopra l’altare, sono raffigurate sant’Anna e Maria bambina e nel catino absidale San Paolo, il santo a cui è dedicata la cappella. Nella parte superiore, si ammira una delle più antiche scene della
Natività di Gesù
, ricca di simboli e allegorie, e il Cristo Pantocratore, con il Vangelo di Giovanni tra le mani, mentre benedice i fedeli.
Il transetto sud continua con scene della vita di Cristo: l’annuncio ai pastori, la fuga in Egitto, il Battesimo, la Trasfigurazione, la Resurrezione di Lazzaro, l’ingresso a Gerusalemme.
Sull’arco cinque profeti e sulla volta la Pentecoste.
Nel transetto nord, a sinistra, in corrispondenza del
Diaconicon
, nel catino dell’abside la decorazione musiva presenta San Giuseppe e Gesù fanciullo, nella cupoletta, il ritratto di
Sant'Andrea
e, al di sopra, la Vergine con Bambino.
Sull’arco che separa il transetto dal presbiterio sono raffigurati cinque santi e nella volta l’Ascensione di Cristo.
