L’opera di architetti e maestranze dopo il 1154, ridusse l’altezza della
navata
centrale e, di conseguenza, quella delle navate laterali con le rispettive finestre, rispetto a quanto previsto nell’originario disegno, che invece fu seguito, per la realizzazione dell’opera, fino alla costruzione dell’
arco trionfale
del
transetto
.
Il monumentale arco di epoca ruggeriana, distinguibile tutt’ora all’esterno della fabbrica, è sopraelevato rispetto al tetto che ricopre la navata centrale ribassata e costruita, in contemporanea alla copertura, a partire dalla seconda metà del XII secolo.
Queste modifiche di progetto implicarono la realizzazione di un
contro arco
interno, che raccordasse il fronte occidentale del transetto con l’attacco della navata centrale.
E’ indubbio a questo punto che, se il progetto unitario originario, nella parte della fabbrica realizzata dall’
abside
fino a compimento del transetto, ha compreso anche il grande arco trionfale, certamente la parte delle fondamenta e della prima elevazione di tale zona, dovevano rispondere ad un disegno unitario che prevedeva, già in origine, lo sviluppo architettonico dell’intero complesso senza creare l’attuale dislivello tra chiesa e chiostro.
Si presume, da queste trasformazioni avvenute nel tempo, che il Chiostro sia stato realizzato, successivamente, in un periodo concomitante alla costruzione delle navate, poiché doveva attestarsi sul fronte esterno della navata settentrionale. 
L’accesso al Chiostro, coevo alla fabbrica di Ruggero II, era collocato, nel rispetto delle regole liturgiche, sul lato sinistro del transetto e doveva coincidere con il piano di calpestio delle navate, al tempo già tracciate ma non ancora esistenti.
Le trasformazioni apportate ai volumi delle architetture dopo la morte del re di Sicilia, non permisero mai l’utilizzo della porta primigenia, nella sua forma completa.
In una prima fase, per potere raggiungere il sottostante livello, il vano, terminato ad arco ogivale, venne ribassato con la creazione di un architrave e vennero creati dei gradini all’interno della possente muratura, da qui si dipartiva una scala laterale, di cui è rimasta traccia nella pietra, per scendere al livello del cortile porticato, nella corsia orientale.
Successivamente, abbandonata definitivamente l’iniziale apertura, nel XVI secolo venne aperta una nuova porta, collocata nella navata laterale sinistra e prossima alla torre. Da tale vano si dipartiva una larga scala di pietra, verso la corsia occidentale ingombrandone in larga parte lo spazio.
Si può oggi meglio notare, a seguito dei recenti lavori di restauro, che la prima grande porta, inserita sul fronte occidentale del transetto, certamente destinata ad immettere nel contiguo chiostro, anche se collocata sul piano di uscita del pavimento del transetto, si trova oggi a circa tre metri di altezza rispetto all’attuale piano di calpestio delle corsie del chiostro.
Durante la costruzione della navata sinistra, la riduzione delle altezze dei muri e l’imposta delle relative finestre, a cui si doveva appoggiare il Chiostro, che doveva essere complanare alla Cattedrale, ne aveva irrimediabilmente compromesso il collegamento diretto, risultando una forte incongruenza con le quote della porta e la posizione delle finestre della navata. L’idea di realizzare un terrapieno sul quale far posare il Chiostro a livello della Cattedrale non venne mai presa in considerazione.
