La chiesa, dal 1434, fu concessa alle monache benedettine del vicino monastero, fondato nel 1193 da Goffredo e Eloisa Martorana. La chiesa, così collegata al convento, iniziò a essere chiamata “La Martorana”. Alla monache della Martorana è legata una singolare e gustosissima tradizione, quella della frutta detta, appunto, “di martorana”; oggi uno dei dolci simbolo della pasticceria siciliana nel mondo. Si narra che le benedettine usassero preparare piccoli dolci, in pasta reale o pasta di mandorle, con l’utilizzo di miele e farina di mandorle, che avevano forma di frutta e si distinguevano per i colori sgargianti e un dolcissimo profumo.