Solo recenti studi, svolti in concomitanza degli interventi di restauro, effettuati nella Cattedrale di Palermo a partire dagli anni Ottanta del secolo scorso, hanno permesso di poter identificare la cappella della Maddalena nel luogo esatto in cui fu edificata, contigua al muro della chiesa madre, come riportato nella supplica di Gualtiero. Essa è, pertanto, individuabile nella parte bassa della Sagrestia Vecchia, la cui decorazione della cornice esterna, si ritrova uguale nel primo e secondo ordine delle torri scalari, di certa datazione medievale.
All’interno della costruzione si nota la differenza fra i due corpi di fabbrica sovrapposti; la parte sopraelevata nel XV secolo, con volte costolonate a copertura del vano, aveva, anche, occultato parzialmente due grandi monofore, 
che illuminavano l’interno dell’
Antititulo
, prossimo all’
abside del Diaconico
.
La costruzione è elevata, dal piano esterno, di circa un metro; al di sotto si trova una cripta, con più camere e la presenza di una botola rettangolare, nella volta, che denuncia il suo uso di luogo sepolcrale, secondo l‘originaria destinazione.
La cappella, edificata per volontà della regina Albiria, ha svelato un altro interessante particolare: un piccolo vano inserito nella muratura di collegamento fra la cappella e l’abside del Diaconico.
Questo ambiente, che trova analogia con quello coevo del Duomo di Cefalù era, verosimilmente, il
matroneo
della Regina, che poteva così assistere alle sacre funzioni, senza essere presente di persona nell’area del presbiterio. Al vano, posto a circa 5 metri di altezza, si poteva accedere da un ballatoio ligneo, oggi scomparso, collegato ad una apertura sul muro orientale, appartenente all’originaria cappella e raggiungibile da una scala a chiocciola che, al contempo, permetteva l’accesso alla sottostante cripta.
