Ruggero II si dedicò all’ampliamento dell’antico palazzo dell’emiro, per farne la propria reggia. Per tale motivo nella configurazione architettonica esterna del Palazzo si notano le varie stratificazioni sia di stile islamico che romanico.
Il nuovo re si impegnò soprattutto nel piano mediano dell’edificio dove fece costruire, dopo l’incoronazione nel 1130, la sua cappella personale, dedicata a
San Pietro
. 
Fece anche edificare la Torre Greca, poi rimaneggiata nel Rinascimento e la Torre Pisana, dove si custodivano i tesori. La torre Joharia venne decorata nel periodo di regno dei due Guglielmi con mosaici, ad opera di maestranze bizantine, che raffigurano scene di caccia con leoni, cervi, centauri,pavoni, diversi animali affrontati e motivi vegetali stilizzati. 
Il ciclo musivo, dal gusto squisitamente mondano, sembra richiamare alla memoria il magnifico giardino del
Genoardo
, uno dei parchi più importanti e ampi. Nel periodo di Guglielmo II si estendeva dalla città di Palermo, verso oriente nella valle del
fiume Oreto
, fino a sud dove confinava con l’
Altofonte
. 
Il nome deriva dall’arabo Jannat al-ard, Giardino o Paradiso della Terra e occupava tutta la parte occidentale della fertile piana di Palermo, quella che in epoca moderna verrà chiamata
Conca d’Oro
. All’interno del Genoardo c’erano frutteti, agrumeti, fontane, sorgenti, vasche d’acque e anche dimore, palazzi e padiglioni come la
Cuba
,
la
Zisa
, la
Cuba Soprana
, la
Cubula
, 
o piccola cuba, il
Menani
e lo
Scibene
. Altre torri, oggi non più esistenti, completavano il circuito di guardia del Palazzo: la Torre Rossa, la cui costruzione è attribuita, sempre, al primo sovrano di Sicilia e la Torre Chirimbi, risalente all’età di
Guglielmo I
.
All’interno del Palazzo furono mantenuti la zecca, i laboratori tessili e di oreficeria e gli opifici come il
tiraz
, una vera e propria officina, aperta a diversi stili culturali e artistici, dove si confezionavano tessuti, tappeti e opere di alta oreficeria come la
corona di Costanza
, rinvenuta nel sepolcro della moglie di
Federico II
,
Costanza d’Aragona
, e adesso conservata nel Tesoro della Cattedrale.
La storia del Palazzo è legata al potere temporale, infatti nel 1556 fu dimora dei Vicerè spagnoli e, ancora oggi, come per continuità simbolica, è sede dell’ARS, l’Assemblea Regionale Siciliana.
