Il soffitto, in legno dipinto, è formato da due file di cassoni centrali, 
con lobi concavi, fiancheggiati da piccoli cassettoni quadrati o stellati; il sistema è realizzato con alveoli 
e
muqarnas
, tipici dell’architettura islamica.
Si nota, in particolare, nella
navata
centrale una decorazione a muqarnas, che costituisce la base geometrica strutturale, poligoni stellati e cupolette, 
queste ultime realizzate con tavolette sottili; 
e in quelle laterali lunghi pannelli di travicelli inclinati,
che compongono un cassettonato, a fasce alternate piane e concave. 
Interamente dipinti, hanno terminazioni semicircolari con la raffigurazione di mezze figure. 
I soffitti delle due navate laterali hanno subito ingenti restauri a causa dello stato di degrado dato da infiltrazioni d’acqua. Alcuni rifacimenti, di ascendenza iberica, sono datati XV secolo. Le maestranze specializzate si distinsero nella lavorazione del legno, dal momento che ogni elemento di varia forma e dimensione,
è tagliato, montato e lavorato secondo un preciso ordine e una precisa tecnica che dimostra un’ampia conoscenza delle caratteristiche fisiche e meccaniche dei materiali utilizzati. Sapiente infatti è l’incastro degli elementi che definiscono un meccanismo stabile, autoportante e in equilibrio. 
Il legno usato nel soffitto è quello di
abete
, di pino nero, di pioppo e faggio. La tematica che ricorre nel ciclo pittorico, ricco di simboli, allegorie, motivi vegetali, floreali, disegni geometrici, caratteri cufici, con scritte di buon auspicio, elementi fitomorfi e zoomorfi, è quella dei piaceri della vita e delle gesta di corte. Riprese da un vasto repertorio iconografico, che attinge a motivi islamici 
e occidentali,
le pitture raffigurano musici, bevitori, 
ballerine, animali, motivi mitologici e anche scene di vita quotidiana di marcato realismo come scene di caccia e di simposio, giostre, processioni, gare, combattimenti. Originale è anche la raffigurazione del sovrano o di altri regnanti e committenti abbigliati con vesti e pose orientali.
Il sovrano, in particolare, indossa la corona , spesso è seduto al trono o tiene una coppa di vino in mano ed è accompagnato da servi e musicisti.
Tutte le scene sono arricchite da oggetti quotidiani o preziosi: barili, coppe, vasi, ciotole, cuscini. 
Altri temi, estranei al mondo islamico, sono ispirati al repertorio bizantino e 
a quello della religione cristiana: alcune raffigurazioni alludono anche alla
figura di Cristo
, altre sono riprese dalla
Bibbia
. Nonostante il contesto religioso, il ciclo pittorico del soffitto riprende soprattutto temi laici, legati alla vita di corte araba ed al mondo dei piaceri e degli svaghi terreni.
Secondo un’interpretazione mentre i mosaici, specialmente quelli del
presbiterio
, celebrano Dio, attraverso il Cristo trionfante, le pitture del soffitto ligneo glorificano il sovrano e la vita di corte.
Si tratterebbe di un’accezione del tutto laica, inserita dentro un ciclo che racconta, come una,
biblia pauperum
la storia della Salvezza. Tra gli animali raffigurati, in particolare si distinguono uccelli, rapaci come falchi e aquile spesso con le loro prede, elefanti, animali esotici animali che combattono, animali mitologici e fantastici come sfingi, grifoni, arpie.
Ma l’animale che ricorre più spesso è il leone, considerato regale e simbolo di forza.
I colori maggiormente utilizzati sono il bianco, il nero ed il rosso, con bordure verdi e cornici a sfondo rosso e perle bianche dati dai seguenti pigmenti: nerofumo, lapislazzuli, ossido di titanio, minio, vermiglio, bianco di piombo, orpimento, successivamente mescolati con un legante, il tuorlo d’uovo.
Dagli ultimi restauri è emersa anche la presenza di un trattamento ad oro zecchino tramite l’utilizzo della foglia oro, di cui sono rimaste tracce nella decorazione geometrica.
