La chiesa si presenta oggi come una basilica a tre navate. La navata maggiore è provvista di un tetto ligneo nascosto da un soffitto a cassettoni, mentre le laterali sono coperte da volte a botte in muratura. Lungo la navata destra, il ritmo delle colonne doriche viene interrotto da una serie di cappelle laterali, rivestite da marmi e impreziosite con stucchi barocchi siciliani: la cappella del battistero, che ospita una fonte battesimale e alcuni mosaici di età normanna; la
cappella di Santa Lucia
, in cui è custodita la statua della santa; la cappella del Sacramento, in cui sono presenti un
cibòrio
, opera di Luigi Vanvitelli e un cratere greco trasformato in fonte battesimale, introdotto nella chiesa nel VI secolo d.C.; infine, in fondo alla navata, la cappella del Crocifisso, che accoglie una tavola (attribuita ad Antonello da Messina) raffigurante il
Vescovo San Zosimo
.
Giovanni Vermexio nel 1659 realizzò uno sfarzoso altare barocco nel presbitèrio.
La mensa dell’altare è costituita da un monolite proveniente proprio dall’antico tempio di Atena, mentre sullo sfondo una tela raffigura la Natività di Maria, è opera di Agostino Scilla.
In fondo alla navata sinistra, è presente un’àbside bizantina dove è custodita la Madonna della neve di Antonello Gagini del 1512.
